阜阳市疾病预防控制中心是全额财政拨款公益性委属副县级事业单位，位于阜南路21号，占地21亩，建有办公楼、实验大楼、预防门诊楼、附属楼，总建筑面积10866平方米，负责全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室监测检验与评价等工作。中心设置有主任1名（副处级）、副主任4名（正科级），设有20个科室，包括12个专业科室【免疫规划科、急性传染病控制科（应急办）、检验科、性病艾滋病防治科、结核病防治科、地方病防治科、信息管理科、健康教育科、监测1科、监测2科、预防医学门诊部、慢性病防治科】和8个职能科室【办公室、党办室、综治办、监察室、工会、计划财务科、药械科、质量管理科】（注：三定方案核定12个科室，慢性病防治科、健康教育科、监测2科、监察室、工会、党办室、综治办、质量管理科为内设科室）。
市疾控中心核定编制109人，现有职工115人【编内100人，编外15人】，其中专业技术人员103人 【正高4人，副高20人，中级22人，初级57人】，占比约89.5%；硕士研究生及以上16人，占比约14%。中心拥有安徽省卫生健康杰出人才2人、骨干人才1人，阜阳市“专业技术拔尖人才”4人，“颍淮名医”2人，“健康阜阳”后备人才7人，市领创人才3人；拥有2个省级重点学科【急性传染病控制、艾滋病防治】，1个省医疗卫生重点专科【病原生物学】；拥有国家级监测点5个【流感/禽流感、食品安全风险、狂犬病、出血热病、致病菌识别网】和省级监测点1个【手足口病】；拥有二级生物安全实验室6个【高致病性禽流感实验室、结核病实验室、艾滋病实验室、肠道病原微生物实验室、病毒分离实验室、细菌性分子分型实验室】，配置实验仪器设备810台（套），可开展检测项目360项，其中超过50万的大型设备20台，包括气相色谱-三重四极杆质谱联用仪、全自动微生物鉴定仪、ABI荧光定量PCR仪2台、微波消解仪、全自动核酸提取仪等，在全市疫情防控工作中发挥出一锤定音的作用。
在“十三五”期间，协助完成省级科研课题1项、市科技局课题1项、市社科联课题2项,市卫生健康委课题2项,年均完成医学继续教育项目10余项，年均发表论文15篇。先后获省卫健委、省疫防办“全省卫生健康系统抗击新冠肺炎疫情第二批表现突出集体”称号，省卫健委、省人社厅、省中医局“全省卫生健康系统新冠肺炎疫情防控工作先进集体”称号，省预防医学会“新冠肺炎疫情防控工作先进集体”称号，市人社局、市文明办“阜阳市创建全国文明城市记功集体”称号等。市疾控中心将深入学习贯彻习近平总书记关于公共卫生体系建设的重要指示批示精神，按照省委省政府、市委市政府的统一部署，在市卫生健康的坚强领导下，不忘初心，勇毅前行，不断推动疾控事业高质量的发展。
